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A residência medica em pediatria do Hospital Infantil Joana de Gusmão encontra-se em atividade desde 1979. Durante esses anos sofreu diversas transformações até o ano de 2015 quando foi introduzido mais um ano na formação de seus residentes. Estruturada no momento para 36 residentes, 12 admissões anuais, ampliou-se para diversas áreas de atuação como psiquitria pediatrica, hematologia pediátrica, genética voltada para pediatria e ortopedia pediátrica.